磷灰石是典型的多成因矿物，在岩浆岩、伟晶岩、变质岩、沉积岩等多种岩石类型中均可有产出。宝石级磷灰石主要产于伟晶岩及各种岩浆岩中，在变质岩和沉积岩中也可有少量的宝石级磷灰石产出。

不同颜色不同品种的磷灰石主要产地有：

蓝色磷灰石：缅甸、斯里兰卡、巴西

蓝绿色磷灰石：挪威、南非

紫色磷灰石：德国、美国缅因州及加利福尼亚州

黄色磷灰石：墨西哥杜兰戈州、西班牙、加拿大、巴西、中国

绿色磷灰石：印度、加拿大，莫桑比克、马达加斯加、西班牙、缅甸

褐色鳞辉石：加拿大

无色磷灰石：缅甸、意大利、德国、中国

蓝绿色磷灰石猫眼：斯里兰卡、缅甸

绿色磷灰石猫眼：巴西

黄色磷灰石猫眼：斯里兰卡、坦桑尼亚、中国